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niftiwrite

Escribir un volumen en un archivo usando el formato NifTI

Descripción

ejemplo

niftiwrite(V,filename) escribe los datos de imágenes volumétricas V en un archivo usando el formato Neuroimaging Informatics Technology Initiative (NIfTI). De forma predeterminada, niftiwrite crea un archivo NifTI combinado que contiene tanto los metadatos como los datos volumétricos. niftiwrite nombra el archivo filename, añadiéndole la extensión de archivo .nii. niftiwrite propaga los metadatos mediante los valores y las propiedades del volumen predeterminados, como el tamaño y el tipo de datos.

niftiwrite admite los formatos de archivo NIfTI1 y NIfTI2. NIfTI1 es el formato de archivo predeterminado. Para escribir los datos NifTI en el formato NIfTI2, utilice la sintaxis con los argumentos de par Name,Value. Especifique el argumento Version como 'NIfTI2'.

ejemplo

niftiwrite(V,filename,info) escribe los datos volumétricos V en un archivo, incluyendo los metadatos del archivo de info. Si los metadatos no coinciden con el contenido y el tamaño de la imagen, niftiwrite devuelve un error.

niftiwrite(V,filename,info,Name,Value) escribe los datos volumétricos en un archivo, usando opciones especificadas en los pares Name,Value.

Ejemplos

contraer todo

Cargue una imagen NIfTI usando su nombre de archivo .nii.

V = niftiread('brain.nii');

Filtre la imagen 3D usando un filtro de mediana de 3 por 3.

V = medfilt3(V);

Escriba la imagen filtrada en un archivo .nii usando los valores predeterminados para el encabezado.

niftiwrite(V,'outbrain.nii');

Lea los metadatos de un archivo NIfTI usando su nombre de archivo .nii.

info = niftiinfo('brain.nii');

Lea los datos volumétricos del archivo utilizando los metadatos del archivo.

V = niftiread(info);

Edite el campo de metadatos Description del archivo.

info.Description = 'Modified using MATLAB R2017b';

Escriba los datos volumétricos con los metadatos modificados en un archivo .nii nuevo.

niftiwrite(V,'outbrain.nii',info);

Argumentos de entrada

contraer todo

Nombre del archivo NIfTI, especificado como escalar de cadena o vector de caracteres. De forma predeterminada, niftiwrite crea un archivo de formato combinado que contiene tanto metadatos como datos de imagen y tiene una extensión de archivo .nii. Si especifica el par nombre-valor 'Compressed', niftiwrite añade la extensión de archivo .nii.gz. Si establece el par nombre-valor 'Combined' en false, niftiwrite crea dos archivos con el mismo nombre y diferentes extensiones de archivo. Un archivo contiene los metadatos asociados al volumen y tiene la extensión de archivo .hdr. El otro archivo contiene los datos de imagen y tiene la extensión de archivo .img.

Tipos de datos: char | string

Datos volumétricos, especificados como arreglo numérico.

Tipos de datos: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical

Metadatos del archivo NIfTI, especificados como una estructura devuelta por la función niftiinfo.

Tipos de datos: struct

Argumentos de par nombre-valor

Especifique pares de argumentos opcionales como Name1=Value1,...,NameN=ValueN, donde Name es el nombre del argumento y Value es el valor correspondiente. Los argumentos de nombre-valor deben aparecer después de otros argumentos. Sin embargo, el orden de los pares no importa.

En las versiones anteriores a la R2021a, utilice comas para separar cada nombre y valor, y encierre Name entre comillas.

Ejemplo: niftiwrite(V,'outbrain.nii','Compressed',true)

Tipo del archivo NIfTI que se desea crear, especificado como true o false. Si es true (valor predeterminado), niftiwrite crea un solo archivo con la extensión de archivo .nii. Si es false, niftiwrite crea un par de archivos con el mismo nombre, pero con extensiones de archivo diferentes: .hdr para el archivo que contiene los metadatos y .img para el archivo que contiene los datos volumétricos.

Tipos de datos: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical

Comprimir datos de imagen, especificado como true o false. Si 'Compressed' es true, niftiwrite genera archivos comprimidos utilizando gzip, con la extensión del nombre del archivo .gz.

Tipos de datos: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical

Endianismo de los datos, especificado como 'little', para indicar el formato Little Endian (predeterminado), o 'big', para indicar el formato Big Endian.

Tipos de datos: char | string

Formato de los datos NIfTI, especificado como 'NIfTI1' o 'NIfTI2'.

  • Si se especifica como 'NIfTI1', niftiwrite escribe la entrada de acuerdo con el formato de datos NIfTI1.

  • Si se especifica como 'NIfTI2', niftiwrite escribe la entrada de acuerdo con el formato de datos NIfTI2.

  • Si no se especifica, se elige el valor predeterminado para 'Version', de acuerdo con la dimensión máxima de los datos volumétricos de entrada.

    • Si la dimensión máxima de la entrada es inferior o igual a 32767, el valor predeterminado es NIfTI1.

    • Si la dimensión máxima de la entrada es superior a 32767, el valor predeterminado es NIfTI2.

Tipos de datos: char | string

Referencias

[1] Cox, R. W., J. Ashburner, H. Breman, K. Fissell, C. Haselgrove, C. J. Holmes, J. L. Lancaster, D. E. Rex, S. M. Smith, J. B. Woodward, and S. C. Strother. "A (sort of) new image data format standard: NiFTI-1." 10th Annual Meeting of Organisation of Human Brain Mapping, Budapest, Hungary, June 2004.

Historial de versiones

Introducido en R2017b

Consulte también

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