SPM12 を用いた脳3D画像の作成

脳の3D画像（灰白質＋白質）を作成したいと思います．

SPM12を用いて，T1強調画像の元画像の NIfTIデータ A.nii から segmentation を行ったところ，

c1A.nii: 灰白質，c2A.nii: 白質，c3A.nii: 脳脊髄液，c4A.nii: 頭蓋骨，c5A.nii: 脳外軟部組織

の5つの NIfTI データが得られました．

灰白質＋白質の脳3Dのデータ B.nii を作るため，

B.nii = A.nii - c3A.nii - c4A.nii - c5A.nii

なる数式を作成したいのですが，ご教示いただけますでしょうか．

[Hiroyuki Hishida]

Ninomiya様、 数式はすでにでているように見えますので、されたいことは行列演算の方法でしょうか？その場合、セグメンテーション後のniiはあるものと考えてよろしいでしょうか？ どうぞよろしくお願いします。

[Atsuhiko Ninomiya]

Hishida 様

コメントくださいましてありがとうございます．

はい，行列演算の方法になります．

SPM12を用いて，各々5つの領域に分割することができ，各々5つの領域の nii データがあります．

やりたいこととしては，灰白質＋白質の脳の3D volume rendering 画像 (B.nii) を作ることです．

理論上は

1) B.nii = A.nii - c3A.nii - c4A.nii - c5A.nii

2) B.nii = c1A.nii + c2A.nii

のいずれかで構築が可能と考えていたのですが，ご教示いただけますと幸いです．

[Megumi Fukuda]

.nii画像を読み込み、MATLABで計算してもよいですが、SPMユーザーの方はImCalcを使うのが便利かと思います。

"SPM ImCalc"で検索したり、SPMのドキュメントを見ていただくと良いかと思います。

[Atsuhiko Ninomiya]

Fukuda様

SPM ImCalcについてご教示くださいましてありがとうございました．

早速ドキュメントなど参照してみます．

Answer 1

[Megumi Fukuda]

書くところを間違えてしまいました、すみません。質問クローズしたいのでこちらにコメントの内容を転記させていただきます。

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.nii画像を読み込み、MATLABで計算してもよいですが、SPMユーザーの方はImCalcを使うのが便利かと思います。

"SPM ImCalc"で検索したり、SPMのドキュメントを見ていただくと良いかと思います。

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↑のMATLABで処理を行う方法について、.nii画像の読み込み&演算処理&マスク保存を行う場合、MATLABの関数niftiread、niftiwriteも用意されています。もしわからない場合は再度ご連絡ください。

[Atsuhiko Ninomiya]

Fukuda様

SPM ImCalcについてご教示くださいましてありがとうございました．

早速ドキュメントなど参照してみます．