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Automating Parameter Identifiability Analysis in SimBiology
Is it possible to develop a MATLAB Live Script that automates a series of SimBiology model fits to obtain likelihood profiles? The goal is to fit a kinetic model to experimental data while systematically fixing the value of one kinetic constant (e.g., k1) and leaving the others unrestricted.
The script would perform the following:
Use a pre-configured SimBiology project where the best fit to the experimental data has already been established (including dependent/independent variables, covariates, the error model, and optimization settings).
Iterate over a defined sequence of fixed values for a chosen parameter.
For each fixed value, run the estimation to optimize the remaining parameters.
Record the resulting Sum of Squared Errors (SSE) for each run.
The final output would be a likelihood profile—a plot of SSE versus the fixed parameter value (e.g., k1)—to assess the practical identifiability of each model parameter.
作ったコードは公開して使ってもらいましょう！ということでその方法をブログで紹介します。
GitHub や File Exchange で公開しているコードがあれば、ぜひこのスレで教えてください！
ブログで紹介している大まかな３ステップをここにまとめます。
1. GitHub でコードを公開・開発する
- GitHub 上でのリポジトリ公開はコミュニティ形成にもつながります。
- R2025a 以降は MATLAB の Markdown サポートも強化されており、README.md を充実させると理解や導入が促進されます。
2. File Exchange に展開（GitHub と連携して自動同期）
- File Exchangeで公開することで MATLAB 内から検索・インストールが可能になります。
- GitHub と File Exchange の連携設定により、GitHub の更新を自動的に File Exchange に反映させることも可能です。
3. 「Open in MATLAB Online」ボタンやリンクを追加
- GitHub リポジトリに「Open in MATLAB Online」リンクやボタンを埋め込むことで、ブラウザ上でコードを試せます。
群馬産業技術センター様をお招きし、製造現場での異常検知の取り組みについてご紹介いただくオンラインセミナーを開催します。
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Simulinkモデルを生成AIで自動的に作成できたら便利だと思いませんか？
QiitaのSacredTubesさんは、このアイデアを実験的に試みた記事を公開しています。
その方法は、まず生成AIでVerilogコードを作成し、それをSimulinkに取り込んでモデル化するというものです。（ここではHDL Coderというツールボックスの機能が使われました：importhdl）
まだ実用段階には至っていませんが、モデルベース開発（MBD）と生成AIの可能性を探る上で、非常に興味深い試みです。
生成AIの限界と可能性を考えるきっかけとして、一読の価値があります。
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もし「Simulink Copilot」のような生成AIツールが登場するとしたら、
どんな機能があったら嬉しいと思いますか？
- 自然言語でブロック図を生成？
- 既存モデルの自動ドキュメント化？
- シミュレーション結果の要約と解釈？
皆さんのアイデアをぜひシェアしてください！
- 昨日までちゃんと動いていたのに・・
- ヘルプページ通りに書いているのに・・
MATLAB 関数がエラーを出すようになることありますよね（？）そんな時にみなさんがまず確認するもの、何かありますか？教えてください！
例えば
which -all plot
をコマンドウィンドウで実行して、もともと MATLAB で定義されている plot 関数（MATLAB のインストールフォルダにある plot 関数）がちゃんと頭に出てくるかどうか確認します。
キーと値の組み合わせでデータを格納できるディクショナリ。R2022bでdictionaryコマンドが登場し、最近のバージョンではreaddictionaryとwritedictionaryでJSONファイルからの読み込み・書き込みにも対応しました。
私はMIDIデータからピアノの演奏動画を作るプログラムで、ディクショナリを使いました。音のノート番号をキーにして、patchで白と黒で鍵盤を塗りつぶしたmatlab.graphics.Graphicsデータ型を値にしたディクショナリで保存して、MIDIで鳴らされた音のノート番号からlookupでグラフのオブジェクトを取得し、FaceColorを変更してハイライトするというもの。
コード例
%% MIDIデータの.matファイルを読み取ってピアノを描画するサンプル
fig = figure('Position', [34 328 1626 524]);
ax = axes;
whiteKeyY = [0 0 150 150];
whiteKeyColor = [1 1 1];
blackKeyY = [50 50 150 150];
blackKeyColor = [0.1 0.1 0.1];
edgeColor = [0 0 0];
% ディクショナリの定義
d = configureDictionary("double", "matlab.graphics.Graphics");
% 白鍵を描画
for n = 1:9
pos = 23*7*(n-1);
d = insert(d, 21 + (n-1)*12, patch([pos+5 pos+28 pos+28 pos+5],whiteKeyY, whiteKeyColor, 'EdgeColor', edgeColor, 'UserData', 21 + (n-1)*12));
d = insert(d, 23 + (n-1)*12, patch([pos+28 pos+51 pos+51 pos+28], whiteKeyY, whiteKeyColor, 'EdgeColor', edgeColor, 'UserData', 23 + (n-1)*12));
d = insert(d, 24 + (n-1)*12, patch([pos+51 pos+74 pos+74 pos+51], whiteKeyY, whiteKeyColor, 'EdgeColor', edgeColor, 'UserData', 24 + (n-1)*12));
if n < 9
d = insert(d, 26 + (n-1)*12, patch([pos+74 pos+97 pos+97 pos+74], whiteKeyY, whiteKeyColor, 'EdgeColor', edgeColor, 'UserData', 26 + (n-1)*12));
d = insert(d, 28 + (n-1)*12, patch([pos+97 pos+120 pos+120 pos+97], whiteKeyY, whiteKeyColor, 'EdgeColor', edgeColor, 'UserData', 28 + (n-1)*12));
d = insert(d, 29 + (n-1)*12, patch([pos+120 pos+143 pos+143 pos+120], whiteKeyY, whiteKeyColor, 'EdgeColor', edgeColor, 'UserData', 29 + (n-1)*12));
d = insert(d, 31 + (n-1)*12, patch([pos+143 pos+166 pos+166 pos+143], whiteKeyY, whiteKeyColor, 'EdgeColor', edgeColor, 'UserData', 31 + (n-1)*12));
end
end
% 黒鍵を描画。白鍵の上になるようにループを分けています
for n = 1:9
pos = 23*7*(n-1);
d = insert(d, 22 + (n-1)*12, patch([pos+23 pos+33 pos+33 pos+23], blackKeyY, blackKeyColor, 'EdgeColor', [0 0 0], 'UserData', 22 + (n-1)*12));
if n < 9
d = insert(d, 25 + (n-1)*12, patch([pos+69 pos+79 pos+79 pos+69], blackKeyY, blackKeyColor, 'EdgeColor', [0 0 0], 'UserData', 25 + (n-1)*12));
d = insert(d, 27 + (n-1)*12, patch([pos+92 pos+102 pos+102 pos+92], blackKeyY, blackKeyColor, 'EdgeColor', [0 0 0], 'UserData', 27 + (n-1)*12));
d = insert(d, 30 + (n-1)*12, patch([pos+138 pos+148 pos+148 pos+138], blackKeyY, blackKeyColor, 'EdgeColor', [0 0 0], 'UserData', 30 + (n-1)*12));
d = insert(d, 32 + (n-1)*12, patch([pos+161 pos+171 pos+171 pos+161], blackKeyY, blackKeyColor, 'EdgeColor', [0 0 0], 'UserData', 32 + (n-1)*12));
end
end
xticklabels({})
yticklabels({})
xlim([5 1362])
drawnow
%% MIDI音源の.matファイルを読み込み
matData = load('fur-elise.mat');
msg = matData.receivedMessages;
eventTimes = [msg.Timestamp] - msg(1).Timestamp;
n = 1;
numNotes = 0;
lastNote = 0;
highlightedCircles = cell(1, 127);
% 音が鳴った鍵盤だけハイライトする
tic
while toc < max(eventTimes)
if toc > eventTimes(n)
thisMsg = msg(n);
if thisMsg.Type == "NoteOn"
numNotes = numNotes + 1;
lastNote = thisMsg.Note;
thisPatch = lookup(d, thisMsg.Note);
thisPatch.FaceColor = '#CCFFCC';
drawnow
elseif thisMsg.Type == "NoteOff"
numNotes = 0;
thisPatch = lookup(d, thisMsg.Note);
[~, ~, wOrB] = calcNotePos(thisMsg.Note);
if wOrB == "w"
thisPatch.FaceColor = 'white';
else
thisPatch.FaceColor = 'black';
end
drawnow
end
n = n+1;
end
end
%% サブ関数
function [pianoPos, centerPos, wOrB] = calcNotePos(note)
tempVar = idivide(int64(note), int64(12)); % 12で割った商
pos = 23*7*(tempVar-1);
switch mod(note, 12)
case 0 % C
pianoPos = pos + 62.5;
centerPos = 30;
wOrB = "w";
case 2 % D
pianoPos = pos + 85.5;
centerPos = 30;
wOrB = "w";
case 4 % E
pianoPos = pos + 108.5;
centerPos = 30;
wOrB = "w";
case 5 % F
pianoPos = pos + 131.5;
centerPos = 30;
wOrB = "w";
case 7 % G
pianoPos = pos + 154.5;
centerPos = 30;
wOrB = "w";
case 9 % A
pianoPos = pos + 177.5;
centerPos = 30;
wOrB = "w";
case 11 % B
pianoPos = pos + 200.5;
centerPos = 30;
wOrB = "w";
case 1 % C#
pianoPos = pos + 69;
centerPos = 100;
wOrB = "b";
case 3 % D#
pianoPos = pos + 92;
centerPos = 100;
wOrB = "b";
case 6 % F#
pianoPos = pos + 138;
centerPos = 100;
wOrB = "b";
case 8 % G#
pianoPos = pos + 161;
centerPos = 100;
wOrB = "b";
case 10 % A#
pianoPos = pos + 184;
centerPos = 100;
wOrB = "b";
end
end
皆さんはディクショナリを使ってますか？ もし使っていたら、どういう活用をしているか、聞かせてください！
どの方法を使う事が多いですか？他によく使う方法があれば教えてくださいー。
方法①
Livescript 上で for ループ内で描画を編集させて描いた動画は「アニメーションのエクスポート」から動画ファイルに出力するのが一番簡単ですね。再生速度やら細かい設定ができない点は要注意。
方法②
exportgraphics 関数で "Append" オプション指定で実現できるようになった（R2022a から）のでこれも便利ですね。
N = 100;
x = linspace(0,4*pi,N);
y = sin(x);
filename = 'animation_sample.gif'; % Specify the output file name
if exist(filename,'file')
delete(filename)
end
h = animatedline;
axis([0,4*pi,-1,1]) % x軸の表示範囲を固定
for k = 1:length(x)
addpoints(h,x(k),y(k)); % ループでデータを追加
exportgraphics(gca,filename,"Append",true)
end
方法③
R2021b 以前のバージョンだとこんな感じ。
各ループで画面キャプチャして、imwrite で動画ファイルにフレーム追加していくイメージです。"DelayTime" を使って細かい指定ができるので、必要に応じて今でも利用します。
for k = 1:length(x)
addpoints(h,x(k),y(k)); % ループでデータを追加
drawnow % グラフアップデート
frame = getframe(gcf); % Figure 画面をムービーフレーム（構造体）としてキャプチャ
tmp = frame2im(frame); % 画像に変更
[A,map] = rgb2ind(tmp,256); % RGB -> インデックス画像に
if k == 1 % 新規 gif ファイル作成
imwrite(A,map,filename,'gif','LoopCount',Inf,'DelayTime',0.2);
else % 以降、画像をアペンド
imwrite(A,map,filename,'gif','WriteMode','append','DelayTime',0.2);
end
end
これからは生成AIでコードを１から書くという事が減ってくるのかと思いますが，皆さんがMATLABのコードを書く時に意識しているご自身のルールのようなものがあれば教えてください．
MATLAB言語は柔軟に書けますが，自然と個人個人のルールというものが出来上がってきているのでは，と思います．
私はParameter, Valueペアの引数がある関数はそれぞれのペアを新しい行に書く，というのをよくやります．
h = plot(x, y, "ro-", ...
"LineWidth", 2, ...
"MarkerSize", 10, ...
"MarkerFaceColor", "g");
Parameter=Valueでも同じです．
h = plot(x, y, "ro-", ...
LineWidth = 2, ...
MarkerSize = 10, ...
MarkerFaceColor = "g");
また，一時期は "=" を揃えることもやってました（今はやってませんが）．
h = plot(x, y, "ro-", ...
LineWidth = 2, ...
MarkerSize = 10, ...
MarkerFaceColor = "g");
皆さんにはどのようなルールがありますか？
I want to observe the time (Tmax) to reach maximum drug concentration (Cmax) in my model. I have set up the OBSERVABLES as follows (figure1): Cmax = max(Blood.lL15); Tmax_LT = time(Conc_lL15_LT_nm == max(Conc_lL15_LT_nm)); Tmax_Tm = time(Conc_lL15_Tumor_nm == max(Conc_lL15_Tumor_nm)); After running the Sobol indices program for global sensitivity analysis, with inputs being some parameters and their ranges, the output for Cmax works, but there are some prompts, as shown in figure2. Additionally, when outputting Tmax, the program does not run successfully and reports some errors, as shown in figure2. How can I resolve the errors when outputting Tmax?
昨日 5/29 にお台場で MATLAB EXPO が開催されました。ご参加くださった方々ありがとうございました！
私は AI 関連のデモ展示で解説員としても立っておりましたが、立ち寄ってくださる方が絶えず、ずっと喋り続けてました。また、講演後に「さっきのすごくね？」という会話が漏れ聞こえてきたのがハイライト。
参加されたみなさま、印象に残ったこと・気になった講演・ポスター・デモ・新機能等あったら教えてください！（次回に向けて運営面での感想も）
以前のEXPOでも参加・聴講したことがある
67%
知り合いから聞いた
0%
MathWorksからのプロモーション，EXPOサイトで知った
0%
今年のEXPO会場でたまたま見かけた
0%
ライトニングトークって何？
33%
3 votos
私の場合、前の会社が音楽認識アプリの会社で、アルゴリズム開発でFFTが使われていたことがきっかけでした。でも、MATLABのすごさが分かったのは、機械学習のオンライン講座で、Andrew Ngが、線型代数を使うと、数式と非常に近い構文のコードで問題が処理できることを学んだ時でした。
Toolbox 全部入りの MATLAB ライセンス
67%
まだ持っていない Toolbox (下記にコメントください）
0%
MATLAB T シャツ
17%
MATLAB ルービックキューブ
0%
MATLAB 靴下
6%
MathWorks オフィス訪問チケット
11%
18 votos
この場は MATLAB や Simulink を使っている皆さんが、気軽に質問や情報交換ができる場所として作られました。日本語でも気軽に投稿ができるように今回日本語チャネルを解説します。
ユーザーの皆様とのやり取りを通じて、みんなで知識や経験を共有し、一緒にスキルアップしていきましょう。 どうぞお気軽にご参加ください。
そして日本語チャネル開設にあたってコメントくださった皆様、ありがとうございます！
We are thrilled to announce the grand prize winners of our MATLAB Shorts Mini Hack contest! This year, we invited the MATLAB Graphics and Charting team, the authors of the MATLAB functions used in every entry, to be our judges. After careful consideration, they have selected the top three winners:
Judge comments: Realism & detailed comments; wowed us with Manta Ray
2nd place – Jenny Bosten
Judge comments: Topical hacks : Auroras & Wind turbine; beautiful landscapes & nightscapes
3rd place - Vasilis Bellos
Judge comments: Nice algorithms & extra comments; can’t go wrong with Pumpkins
Judge comments: Impressive spring & cubes!
In addition, after validating the votes, we are pleased to announce the top 10 participants on the leaderboard:
Congratulations to all! Your creativity and skills have inspired many of us to explore and learn new skills, and make this contest a big success!
Dear MATLAB contest enthusiasts,
Welcome to the third installment of our interview series with top contest participants! This time we had the pleasure of talking to our all-time rock star – @Jenny Bosten. Every one of her entries is a masterpiece, demonstrating a deep understanding of the relationship between mathematics and aesthetics. Even Cleve Moler, the original author of MATLAB, is impressed and wrote in his blog: "Her code for Time Lapse of Lake View to the West shows she is also a wizard of coordinate systems and color maps."
you to read it to learn more about Jenny’s journey, her creative process, and her favorite entries.
Question: Who would you like to see featured in our next interview? Let us know your thoughts in the comments!
Over the past 4 weeks, 250+ creative short movies have been crafted. We had a lot of fun and, more importantly, learned new skills from each other! Now it’s time to announce week 4 winners.
Nature:
3D:
Seamless loop:
Holiday:
Fractal:
Congratulations! Each of you won your choice of a T-shirt, a hat, or a coffee mug. We will contact you after the contest ends.
Weekly Special Prizes
Thank you for sharing your tips & tricks with the community. These great technical articles will benefit community users for many years. You won a limited-edition pair of MATLAB Shorts!
In week 5, let’s take a moment to sit back, explore all of the interesting entries, and cast your votes. Reflect what you have learned or which entries you like most. Share anything in our Discussions area! There is still time to win our limited-edition MATLAB Shorts.
We are thrilled to see the incredible short movies created during Week 3. The bar has been set exceptionally high! This week, we invited our Community Advisory Board (CAB) members to select winners. Here are their picks:
Mini Hack Winners - Week 3
Game:
Holidays:
Fractals:
Realism:
Great Remixes:
Seamless loop:
Fun:
Weekly Special Prizes
Thank you for sharing your tips & tricks with the community. You won a limited-edition MATLAB Shorts.
We still have plenty of MATLAB Shorts available, so be sure to create your posts before the contest ends. Don't miss out on the opportunity to showcase your creativity!
