GEO Platform Annotation Table Reader

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reads and parses platform annotation table (*.annot) from GEO.
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Actualizado 20 ago 2013

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This function reads and parses platform annotation table (*.annot) for NCBI Gene Expression Omnibus(GEO). Platform annotation table contain information about platforms.

Input:
filename: filename of the *.annot file
Output:
annotation: platform annotation info platform_table: platform table

Example:
1) obtain a *.annot file
e.g. from ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/platforms/GPL2nnn/GPL2883/annot/GPL2883.annot.gz
unzip the file, you will get: GPL2883.annot
2) put the function and the annot file in your working directry, or addpath
3) run function
[annotation, platform_table]=read_annot_file('GPL2883.annot');

Citar como

Sisi Ma (2024). GEO Platform Annotation Table Reader (https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/43153-geo-platform-annotation-table-reader), MATLAB Central File Exchange. Recuperado .

Compatibilidad con la versión de MATLAB
Se creó con R2013a
Compatible con cualquier versión
Compatibilidad con las plataformas
Windows macOS Linux
Categorías
Más información sobre Genomics and Next Generation Sequencing en Help Center y MATLAB Answers.

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