A simple BLAST algorithm

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A simple BLAST algorithm based on a simple dynamic programming strategy.
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Actualizado 10 mar 2015

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The function implements a BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) algorithm using a simple dynamic programming strategy. A self-defined vTree class is also included, on which the "Reconstruct" process is based. The data of the tree is stored in a vector. The idea is inspired by the union-find algorithm.

Citar como

Ligong Han (2026). A simple BLAST algorithm (https://es.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/49003-a-simple-blast-algorithm), MATLAB Central File Exchange. Recuperado .

Compatibilidad con la versión de MATLAB
Se creó con R2014a
Compatible con cualquier versión
Compatibilidad con las plataformas
Windows macOS Linux
Categorías
Más información sobre Genomics and Next Generation Sequencing en Help Center y MATLAB Answers.
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myblast/

myblast/@vTree/

Versión Publicado Notas de la versión
1.3

- vTree class updated: fixed an error of the 'delChild' method
1.2.0.0

- Updated vTree
1.1.0.0

- a missing file added
- method of vTree class added
1.0.0.0