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hmmdecode

Las probabilidades de estado posterior del modelo oculto de Markov

Sintaxis

PSTATES = hmmdecode(seq,TRANS,EMIS)
[PSTATES,logpseq] = hmmdecode(...)
[PSTATES,logpseq,FORWARD,BACKWARD,S] = hmmdecode(...)
hmmdecode(...,'Symbols',SYMBOLS)

Descripción

PSTATES = hmmdecode(seq,TRANS,EMIS) calcula las probabilidades de estado posterior, de la secuencia, de un modelo de Markov oculto.PSTATESseq Las probabilidades de estado posterior son las probabilidades condicionales de estar en el estado en el paso, dada la secuencia observada de símbolos,.kisym El modelo se especifica mediante una matriz de probabilidad de transición y una matriz de probabilidad de emisiones. es la probabilidad de transición de un estado a un estado. es la probabilidad de que el símbolo se emita desde el estado.TRANSEMISTRANS(i,j)ijEMIS(k,seq)seqk

es una matriz con la misma longitud y una fila para cada estado del modelo.PSTATESseq El elemento (,) TH da la probabilidad de que el modelo esté en estado en el paso TH, dada la secuencia.ijPSTATESijseq

Nota

La función comienza con el modelo en el estado 1 en el paso 0, antes de la primera emisión. calcula las probabilidades en función del hecho de que el modelo comienza en el estado 1.hmmdecodehmmdecodePSTATES

[PSTATES,logpseq] = hmmdecode(...) Devuelve, el logaritmo de la probabilidad de secuencia, dada matriz de transición y matriz de emisión.logpseqseqTRANSEMIS

[PSTATES,logpseq,FORWARD,BACKWARD,S] = hmmdecode(...) Devuelve las probabilidades de avance y retroceso de la secuencia escalada.S

hmmdecode(...,'Symbols',SYMBOLS) especifica los símbolos que se emiten. puede ser una matriz numérica, una matriz de cadenas o una matriz de celdas de los nombres de los símbolos.SYMBOLS Los símbolos predeterminados son enteros a través de, donde es el número de posibles emisiones.1NN

Ejemplos

trans = [0.95,0.05;          0.10,0.90]; emis = [1/6 1/6 1/6 1/6 1/6 1/6;    1/10 1/10 1/10 1/10 1/10 1/2];   [seq,states] = hmmgenerate(100,trans,emis); pStates = hmmdecode(seq,trans,emis); [seq,states] = hmmgenerate(100,trans,emis,...    'Symbols',{'one','two','three','four','five','six'}) pStates = hmmdecode(seq,trans,emis,...    'Symbols',{'one','two','three','four','five','six'});

Referencias

[1] Durbin, R., S. Eddy, A. Krogh, and G. Mitchison. Biological Sequence Analysis. Cambridge, UK: Cambridge University Press, 1998.

Introducido antes de R2006a