Fill NaN cells using surrounding data values

Hi,

I would like to fill NaN cells in the rows of a matrix with the mean of the immediately surrounding values.

For example I would like to convert

>> A=magic(5);
>> A(:,2:4)=NaN;
>> A(1:2,:)=NaN;
>> A

A =

   NaN   NaN   NaN   NaN   NaN
   NaN   NaN   NaN   NaN   NaN
     4   NaN   NaN   NaN    22
    10   NaN   NaN   NaN     3
    11   NaN   NaN   NaN     9

>>

To this:

 >> A

A =

       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN
       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN
    4.0000   13.0000   13.0000   13.0000   22.0000
   10.0000    6.5000    6.5000    6.5000    3.0000
   11.0000   10.0000   10.0000   10.0000    9.0000

>>

Only converting those NaN cells that are surrounded on the row by non-NaN values.

I hope this is clear.

Thanks very much

Answer 1

[Walter Roberson]

You may wish to see John's MATLAB File Exchange contribution inpaint_nans

[James]

This looks like it might do the trick, I will give it a shot.

Thanks

Answer 2

[Image Analyst]

It can't be that hard - did you know there is an "isnan()" function, as well as mean() and sum()? Give it a shot yourself first - it's not hard.

Answer 3

[James]

Sure, let me preface this with the comment that I am definitely a beginner MATLAB user.

I can solve the example that I gave above (in probably a very round about way) with the following:

b=sum(~isnan(A)')'>0;%Find Rows where there are non-NaN values
c= sum(isnan(A(b,:)))>0; %in those rows find the NaN values
d=mean(A(b,~c)')'; %Find the mean of the entire rows identified in c
A(b,c)= repmat(d,1,sum(c)) %Fill in the appropriate cells

Where I am getting stuck is:

Firstly: Taking the mean of only the adjacent cells in the row rather than the whole row

Secondly: Only replacing NaN values where they are surrounded on both sides with non-NaN values

i.e. A =

   NaN   NaN   NaN   NaN   NaN   NaN   NaN
   NaN   NaN   NaN   NaN   NaN   NaN   NaN
   NaN     6   NaN   NaN   NaN   NaN   NaN
     5    14   NaN   NaN   NaN    36   NaN
    13    15   NaN   NaN   NaN    44     4
    21   NaN   NaN   NaN   NaN     3    12
    22    31   NaN   NaN   NaN    11    20

>>

to

A =

       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN
       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN
       NaN    6.0000       NaN       NaN       NaN       NaN       NaN
    5.0000   14.0000   25.0000   25.0000   25.0000   36.0000       NaN
   13.0000   15.0000   29.5000   29.5000   29.5000   44.0000    4.0000
   21.0000   12.0000   12.0000   12.0000   12.0000    3.0000   12.0000
   22.0000   31.0000   21.0000   21.0000   21.0000   11.0000   20.0000

>>

Thanks Again