イベントリスナー機能を使った方法によって実現可能です。
add_exec_event_listener：
例としては下記MATLAB Answers記事が参考になります。
How do I update a GUI designed in App Designer with data from a running Simulink model?：
添付ファイルは、上記Answers記事をベースとしてApp Desginer上でグラフを逐次プロットする例です。
方法としては、Interpreted MATLAB Functionブロックを使用して、信号をベースワークスペースに任意の変数名として逐次配列格納していきます。
そのためevalinやassigninを使用し、ベースワークスペースの毎周期における評価が必要となります。
ベースワークスペースに保存した配列結果をAppDesginer側のコールバックでevalinによって参照し、plotコマンドにより座標軸に割り付けて描画を行えば、シミュレーションと連動してグラフが描画されるような動きを実現することは可能です。
