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Explora datos volumétricos 3D con la aplicación Visor de volúmenes

En este ejemplo se muestra cómo examinar y explorar datos volumétricos 3D mediante la aplicación Visor de volúmenes. La representación de volúmenes depende en gran medida de la definición de un mapa alfa adecuado para que las estructuras de los datos que desea ver sean opacas y las estructuras que no desea ver sean transparentes. Para ilustrar, el ejemplo carga un estudio de RMN de la cabeza humana en el Visor de volúmenes y explora los datos mediante las capacidades de visualización del Visor de volúmenes.

Cargar datos de volumen en el Visor de volúmenes

En esta parte del ejemplo se muestra cómo cargar datos volumétricos en el Visor de volúmenes.

Cargue los datos de RMN de una cabeza humana desde un archivo MAT en el espacio de trabajo. Esta operación crea una variable denominada en el área de trabajo que contiene los datos volumétricos.D Utilice el comando para quitar la dimensión singleton de los datos.squeeze

load mri  D = squeeze(D);  whos
Name        Size                 Bytes  Class     Attributes    D         128x128x27            442368  uint8                  map        89x3                   2136  double                 siz         1x3                     24  double    

Abra la aplicación Visor de volúmenes. En la tira Deherramientas, abra la pestaña Aplicaciones y, en Procesamiento de imágenes y Visión de ordenador, haga clic enMATLAB®. También puede abrir la aplicación mediante el comando.volumeViewer

Cargue datos volumétricos en la aplicación Visor de volúmenes. Haga clic.Import Volume Puede cargar una imagen especificando su nombre de archivo o cargar una variable desde el área de trabajo. Si tiene datos volumétricos en un formato DICOM que utiliza varios archivos para representar un volumen, puede especificar el nombre de la carpeta DICOM. Elija la opción porque los datos están en el área de trabajo. Import From Workspace

Seleccione la variable de espacio de trabajo en el cuadro de diálogo y haga clic en .Import from WorkspaceOK

Para iniciar una nueva instancia del Visor de volúmenes, haga clic en .New Session

Al crear una nueva sesión, esta opción elimina todos los datos que se encuentran actualmente en el visor. Haga clic para crear la nueva sesión.Yes

Ver los datos de volumen en el Visor de volúmenes

En esta parte del ejemplo, decide cómo desea ver los datos. El Visor de volúmenes ofrece varias opciones.

Vea el volumen en la aplicación Visor de volúmenes. De forma predeterminada, el Visor de volúmenes muestra los datos como un volumen, pero también puede verlos como planos de sectores. Los datos de RMN mostrados como un volumen son reconocibles como una cabeza humana. Para explorar el volumen, acerque y exalise la imagen con la rueda del ratón o haga clic con el botón derecho. También puede girar el volumen colocando el cursor en la ventana de la imagen, manteniendo pulsado el ratón y moviendo el cursor. Siempre está haciendo zoom o girando alrededor del centro del volumen. La posición de los ejes en la ventana refleja la orientación espacial de la imagen a medida que la gira.Orientation Axes

Para cambiar el color de fondo utilizado en la ventana de visualización, haga clic y seleccione un color.Background Color

Vea los datos de RMN como un conjunto de planos de sectores. Haga clic.Slice Planes También puede acercar y rotar esta vista de los datos. Utilice las barras de desplazamiento de las tres ventanas de sectores para ver sectores individuales en cualquiera de los planos.

Continúe utilizando las capacidades del Visor de volúmenes hasta que consiga la mejor vista de sus datos.

Ajustar la vista de los datos de volumen en el Visor de volúmenes

En esta parte del ejemplo, se ajusta la vista de los datos volumétricos en la aplicación Visor de volúmenes.

Haga clic para volver a ver los datos como un volumen y utilice las capacidades del Visor de volúmenes para obtener la mejor visualización de los datos.Volume El Visor de volúmenes proporciona varias opciones de referencia espacial que le permiten obtener una vista más realista del volumen de la cabeza. (El cabezal aparece aplanado en la vista predeterminada.)

  • --Puede especificar las cotas en las direcciones X, Y y Z.Specify Dimensions

  • --El Visor de volúmenes calcula un factor de escala que hace que el número de muestras de cada dimensión sea el mismo que la dimensión más grande del volumen.Upsample To Cube Esta configuración puede hacer que los datos muestreados no isotrópicamente aparezcan escalados de forma más correcta.

  • --Si el archivo de datos incluye datos de resolución en sus metadatos, el Visor de volúmenes utiliza los metadatos y muestra el volumen true to scale.Use Volume Metadata El Visor de volúmenes selecciona la opción, de forma predeterminada, si hay metadatos presentes.Use Volume Metadata

Refinar la vista con el Editor de renderización

En esta parte del ejemplo se describe cómo utilizar el Editor de representación del Visor de volúmenes para modificar la vista de los datos. Con el Editor de renderización, puede:

  • Elija el enfoque de visualización general: Renderizado de volumen, proyección de intensidad máxima o isosuperficie.

  • Modifique el mapa alfa especificando un mapa alfa preestablecido, como ct-bone, o personalizando el mapa alfa mediante la curva Opacidad/Intensidad de imagen.

  • Especifique el mapa de colores utilizado en la visualización.

  • Especifique la iluminación en la visualización.

Elija el enfoque de visualización.

El Visor de volúmenes ofrece varios enfoques de visualización de volúmenes. La opción (MIP) busca el voxel con el valor de intensidad más alto para cada rayo proyectado a través de los datos.Maximum Intensity Projection MIP puede ser útil para revelar la estructura de mayor intensidad dentro de un volumen. También puede ver el volumen como un archivo .Isosurface

Especifique el mapa alfa.

La representación de volúmenes depende en gran medida de la definición de un mapa alfa adecuado para que las estructuras que desea ver sean opacas y las estructuras que no desea ver sean transparentes. El Editor de renderización le permite definir la opacidad y transparencia de los valores de voxel en todo el volumen. Puede elegir entre un conjunto de ajustes preestablecidos de mapa alfa que logran automáticamente ciertos efectos bien definidos. Por ejemplo, para definir una vista que funcione bien con datos de hueso CT, seleccione el ajuste preestablecido de representación.CT Bone De forma predeterminada, el Visor de volúmenes utiliza una relación lineal simple, pero cada ajuste preestablecido cambia la curva del trazado para dar a determinados valores de datos más o menos opacidad. Puede personalizar el mapa alfa manipulando el trazado directamente.

Especifique el mapa de colores.

El color, cuando se utiliza con intensidad y opacidad de los vóxeles, es un elemento importante de la visualización del volumen. En el Editor de renderización, puede seleccionar de una lista de mapas de colores predefinidos, como y .MATLABjetparula También puede especificar un mapa de colores personalizado que haya definido como una variable en el espacio de trabajo. También puede cambiar la asignación de color para cualquier mapa de colores mediante la escala de la barra de colores interactiva. Por ejemplo, para aclarar los valores de color de una visualización, haga clic en la barra de colores para crear un control deslizante circular. Para modificar la asignación de color para que se asigne más valor a colores más claros, mueva el control deslizante hacia la izquierda. Puede crear varios controles deslizantes en la barra de colores para definir otras asignaciones de color.

Modificar efectos de iluminación. De forma predeterminada, el Visor de volúmenes utiliza determinados efectos de iluminación en la visualización del volumen. Puede desactivar estos efectos de iluminación desactivando la casilla de verificación.Lighting

Guardar la representación del Visor de volúmenes y la configuración de la cámara

Después de trabajar en el Visor de volúmenes para lograr la mejor vista de los datos, puede guardar la configuración de representación y la configuración de la cámara. El Visor de volúmenes almacena esta información en una estructura, a la que se llama de forma predeterminada, que escribe en el área de trabajo.config Puede utilizar esta estructura con las funciones y para volver a crear la vista que ha logrado en el Visor de volúmenes.volshowlabelvolshow

Para guardar los ajustes de renderización y configuración de la cámara, haga clic y haga clic en la opción.ExportRendering and Camera Configurations

Especifique el nombre de la estructura que el Visor de volúmenes crea o acepta el nombre predeterminado ( ) y haga clic en .configOK