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dendrogram

La trama dendrograma

Descripción

ejemplo

dendrogram(tree) genera una gráfica de dendrograma del árbol de clústeres binarios jerárquicos. Un dendrograma consta de líneas de varias formas que conectan los puntos de datos en un árbol jerárquico.U La altura de cada uno representa la distancia entre los dos puntos de datos que se están conectados.U

  • Si hay 30 o menos puntos de datos en el conjunto de datos original, cada hoja del dendrograma corresponde a un punto de datos.

  • Si hay más de 30 puntos de datos, a continuación, contrae las ramas inferiores para que haya 30 nodos de hoja.Dendrograma Como resultado, algunas hojas de la gráfica corresponden a más de un punto de datos.

ejemplo

dendrogram(tree,Name,Value) utiliza opciones adicionales especificadas por uno o más argumentos de par nombre-valor.

ejemplo

dendrogram(tree,P) genera un diagrama de dendrograma con no más de nodos de hoja.P Si hay más de puntos de datos en el conjunto de datos original, a continuación, contrae las ramas inferiores del árbol.PDendrograma Como resultado, algunas hojas de la gráfica corresponden a más de un punto de datos.

dendrogram(tree,P,Name,Value) utiliza opciones adicionales especificadas por uno o más argumentos de par nombre-valor.

ejemplo

H = dendrogram(___) genera un trazado de dendrograma y devuelve un vector de identificadores de línea. Puede utilizar cualquiera de los argumentos de entrada de las sintaxis anteriores.

ejemplo

[H,T,outperm] = dendrogram(___) también devuelve un vector que contiene el número de nodo de hoja para cada objeto en el conjunto de datos original, y un vector que da el orden de las etiquetas de nodo de las hojas como se muestra en el dendrograma,.Toutperm

  • Es útil volver cuando el número de nodos hoja,, es menor que el número total de puntos de datos, por lo que algunos nodos hoja en la pantalla corresponden a varios puntos de datos.TP

  • El orden de las etiquetas de nodo dadas es de izquierda a derecha para un dendrograma horizontal, y de abajo a arriba para un dendrograma vertical.outperm

Ejemplos

contraer todo

Genere datos de ejemplo.

rng('default') % For reproducibility X = rand(10,3);

Cree un árbol de clústeres binarios jerárquicos utilizando.linkage A continuación, trace el dendrograma utilizando las opciones predeterminadas.

tree = linkage(X,'average');  figure() dendrogram(tree)

Genere datos de ejemplo.

rng('default') % For reproducibility X = rand(10,3);

Cree un árbol de clústeres binarios jerárquicos utilizando.linkage

tree = linkage(X,'average');  D = pdist(X); leafOrder = optimalleaforder(tree,D)
leafOrder = 1×10

     3     7     6     1     4     9     5     8    10     2

Trace el dendrograma utilizando un orden de hoja óptimo.

figure() dendrogram(tree,'Reorder',leafOrder)

El orden de los nodos hoja en el diagrama dendrograma corresponde-de izquierda a derecha-a la permutación en.leafOrder

Genere datos de ejemplo.

rng('default') % For reproducibility X = rand(100,2);

Hay 100 puntos de datos en el conjunto de datos original,.X

Cree un árbol de clústeres binarios jerárquicos utilizando.linkage A continuación, trace el dendrograma para el árbol completo (100 nodos de hoja) estableciendo el argumento de entrada igual a.P0

tree = linkage(X,'average'); dendrogram(tree,0)

Ahora, trace el dendrograma con sólo 25 nodos de hoja. Devuelve la asignación de los puntos de datos originales a los nodos hoja mostrados en la gráfica.

figure [~,T] = dendrogram(tree,25);

Enumere los puntos de datos originales que están en el nodo hoja 7 del diagrama de dendrograma.

find(T==7)
ans = 7×1

     7
    33
    60
    70
    74
    76
    86

Genere datos de ejemplo.

rng('default') % For reproducibility X = rand(10,3);

Cree un árbol de clústeres binarios jerárquicos utilizando.linkage A continuación, trace el dendrograma con una orientación vertical, utilizando el umbral de color predeterminado. Devuelva las asas a las líneas para que pueda cambiar los anchos de línea de dendrograma.

tree = linkage(X,'average'); H = dendrogram(tree,'Orientation','left','ColorThreshold','default'); set(H,'LineWidth',2)

Argumentos de entrada

contraer todo

Árbol de clúster binario jerárquico, especificado como una matriz (– 1)-por-3 que se genera mediante, donde es el número de puntos de datos en el conjunto de datos original.MlinkageM

Número máximo de nodos hoja que se incluirán en el trazado de dendrograma, especificado como un valor entero positivo.

  • Si hay o menos puntos de datos en el conjunto de datos original, cada hoja del dendrograma corresponde a un punto de datos.P

  • Si hay más de puntos de datos, a continuación, contrae las ramas inferiores para que haya nodos hoja.PDendrogramaP Como resultado, algunas hojas de la gráfica corresponden a más de un punto de datos.

    Si no se especifica, utiliza 30 como el número máximo de nodos hoja.PDendrograma Para mostrar el árbol completo, ajuste igual a.P0

Tipos de datos: single | double

Argumentos de par nombre-valor

Especifique pares de argumentos separados por comas opcionales. es el nombre del argumento y es el valor correspondiente. deben aparecer dentro de las cotizaciones.Name,ValueNameValueName Puede especificar varios argumentos de par de nombre y valor en cualquier orden como.Name1,Value1,...,NameN,ValueN

Ejemplo: especifica un dendrograma vertical con hojas en el orden especificado por.'Orientation','left','Reorder',myOrdermyOrder

Orden de los nodos de hoja en el trazado de dendrograma, especificado como el par separado por comas que consta de un vector que da el orden de los nodos en el árbol completo.'Reorder' El vector de orden debe ser una permutación del vector, donde está el número de puntos de datos en el conjunto de datos original.1:MM Especifique el orden de izquierda a derecha para los dendrogramas horizontales, y de abajo a arriba para los dendrogramas verticales.

Si es mayor que el número de nodos hoja en el trazado de dendrograma, (de forma predeterminada, es 30), solo puede especificar un vector de permutación que no separe los grupos de hojas que corresponden a los nodos contraídos.MPP

Tipos de datos: single | double

Indicador de si se ha de comprobar las ramas de cruce en el diagrama de dendrograma, especificado como el par separado por comas que consta de y cualquiera o.'CheckCrossing'truefalse Esta opción solo es útil cuando se especifica un valor para.Reorder

Cuando tiene el valor, emite una advertencia si el orden de los nodos hoja provoca cruces de ramas en la gráfica.CheckCrossingtrueDendrograma Si la gráfica de dendrograma no muestra un árbol completo (porque el número de puntos de datos en el conjunto de datos original es mayor que), solo emite una advertencia cuando el orden de los nodos hoja hace que la ramificación cruce en el dendrograma como se muestra en la gráfica.PDendrograma Es decir, no hay ninguna advertencia si el orden provoca cruces de ramas en el árbol completo, pero no en el dendrograma como se muestra en la gráfica.

Tipos de datos: logical

Umbral para los colores únicos en el trazado de dendrograma, especificado como el par separado por comas que consta de un valor escalar y uno de ellos, o bien, en el intervalo.'ColorThreshold''default'(0,max(tree(:,3))) Si tiene el valor, a continuación, asigna un color único a cada grupo de nodos en el dendrograma cuya vinculación es menor que.ColorThresholdTDendrogramaT

  • Si tiene el valor, entonces el umbral,, es 70% de la vinculación máxima,.ColorThreshold'default'T0.7*max(tree(:,3))

  • Si no especifica un valor para, o si especifica un umbral fuera del rango, utiliza solo un color para el trazado de dendrograma.ColorThreshold(0,max(tree(:,3)))Dendrograma

Orientación del dendrograma en la ventana de la figura, especificada como el par separado por comas que consta de uno de estos valores:'Orientation'

'top'De arriba a abajo
'bottom'De abajo a arriba
'left'De izquierda a derecha
'right'De derecha a izquierda

Etiqueta para cada punto de datos del conjunto de datos original, especificado como el par separado por comas que consta de una matriz de caracteres, una matriz de cadenas o una matriz de celdas de vectores de caracteres. etiqueta las hojas de la gráfica de dendrograma que contengan un único punto de datos con la marca de ese punto de datos.'Labels'Dendrograma

Argumentos de salida

contraer todo

Controla las líneas del trazado de dendrograma, que se devuelven como vector.

Los números de nodo hoja para cada punto de datos del conjunto de datos original, devueltos como un vector de columna de longitud, donde es el número de puntos de datos en el conjunto de datos original.MM

Cuando hay menos puntos de datos en los datos originales (es 30, de forma predeterminada), todos los puntos de datos se muestran en el dendrograma, con cada nodo que contiene un único punto de datos.PP En este caso, es el mapa de identidad,.TT = (1:M)'

es útil cuando es menor que el número total de puntos de datos.TP Es decir, cuando algunos nodos de hoja de la visualización de dendrograma corresponden a varios puntos de datos. Por ejemplo, para averiguar qué puntos de datos están contenidos en el nodo hoja de la gráfica de dendrograma, utilice.kfind(T==k)

Permutación de las etiquetas de nodo de las hojas del dendrograma como se muestra en la gráfica, devuelta como un vector de fila. da el orden de izquierda a derecha para un dendrograma horizontal, y de abajo a arriba para un dendrograma vertical.outperm Si hay hojas en la trama dendrograma, es una permutación del vector.Poutperm1:P

Introducido antes de R2006a