Cuando se tiene una secuencia de comandos que se debe ejecutar de forma repetida o que se desea guardar para referencia futura, estos comandos se deben almacenar en un archivo de programa. El tipo más simple de programa de MATLAB^® es un script, que contiene un conjunto de comandos que están escritos exactamente como deberían introducirse en la línea de comandos. Para una mayor flexibilidad de programación, cree funciones que acepten entradas y devuelvan salidas. Cuando tenga estructuras de datos especializados o necesite muchas funciones para interactuar con tipos de datos especiales, cree clases mediante técnicas de programación orientada a objetos.